Üremeye yardımcı tekniklerle çoğul gebelik oranlarının daha yüksek olduğu aşikardır. Çoğul gebeliklerde gebelik sırasında artmış komplikasyon riski mevcuttur. Erken doğum, çoğul gebeliklerde yaşanabilen en önemli sorunlardandır. Prematüre bebekler akciğer gelişimi tam olgunlaşmadığı için solunum zorluğu yaşayabilir. Erken doğan bebeklerde uzamış sarılık sık karşılaşılabilen bir diğer sorundur.

Yumurtalıkların uyarılmasında yani ovulasyon indüksiyonunda kullanılan ilaçlar temel olarak hormonal ilaçlardır. Enjeksiyon yerinde ağrı, baş ağrısı, yorgunluk hissi, alerji, sıcak basması, kasıklarda dolgunluk, bulantı, vajinal kanama, burunda tahriş, göğüslerde gerginlik,hassasiyet, kabızlık, adetin gecikmesi veya düzensizlik ve de Ovaryan Hiperstimülasyon Sendromu (OHSS) nadir de olsa görülebilen yan etkilerdir.   Bu yan etkilerin çoğu tedaviyi etkileyecek veya yarıda bıraktıracak ciddiyette değildir. İlaç dozajlarına dikkat etmek son derece önemlidir.    Bazen, ilaçlara bağlı olarak yumurtalıklarda geçici küçük kistler oluşabilir ve bunlar genellikle kendiliğinden geçer. Nadiren bu kistler patlayıp, kanamaya veya çevresi etrafında dönerek daha ileri tedavi gerektirebilir. Bazen kısa bir süre için adet düzensizliği olabilir. Vajinal yoldan yumurtaların toplanması işleminde-komplikasyon nadirdir. Ancak, her cerrahi müdahalede olduğu gibi, düşük oranda enfeksiyon ve kanama riski mevcuttur.